徹夜でシステム開発　残業が認められず憤るSE

　システム開発業務が多忙なため、先日徹夜で作業しました。ところが日をまたいだ時間分を残業として申請したところ、上司から「仕事の効率が悪いからだ」などと言われ、事前申請していなかったこともあり、残業時間として認められませんでした。こうした状態は違法ではないのでしょうか。