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主要なマザーボードの規格(フォームファクター)なら、ねじ穴の位置に互換性がある。「大は小を兼ねる」ので、ATX対応ケースにはATX規格のマザーボードだけでなく、その小型版であるmicroATX規格やMini-ITX規格のマザーボードも取り付けられる。ただし、サーバー用の「Extended ATX」はATXよりも大きい。対応を明記していないPCケースには、入らない可能性が高い。

ATXと小型のmicroATX、さらに小さなMini-ITXはねじ穴が共通になっている。ATX対応のケースには、microATXやMini-ITXのマザーボードを入れられる。
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